Les patients porteurs de déficits immunitaires primitifs (plus de 485 types recensés) présentent des taux de séroréponse, des titres d'anticorps et une activité de neutralisation variables selon le sous-type de déficit et le vaccin utilisé. Les patients avec déficit prédominant en anticorps (déficit immunitaire commun variable notamment) montrent une réponse humorale souvent réduite mais une réponse cellulaire T parfois préservée sur un suivi de 22 mois. Ce signal concerne l'efficacité vaccinale plus que la sécurité, mais reste essentiel pour adapter le suivi de cette population.

Les recommandations officielles internationales pour les patients atteints de maladies mitochondriales indiquent qu'aucune précaution spécifique n'est nécessaire au-delà de celles de la population générale, la réponse vaccinale attendue étant similaire. Si les essais cliniques n'ont pas inclus spécifiquement cette population, le profil de sécurité global des vaccins ARNm est jugé favorable au bénéfice de la prévention de l'infection, elle-même documentée comme potentiellement sévère chez ces patients (32 % d'hospitalisation dans une étude internationale de cohorte).

Une cohorte de 12 patients atteints de lupus érythémateux systémique ou de connectivite apparentée, ayant un antécédent de myocardite, suivis pendant une médiane de 41 mois après vaccination ARNm, ne montre aucune poussée de la maladie ni aucune récidive de myocardite. Donnée rassurante pour cette population à double risque (maladie auto-immune et antécédent cardiaque), bien que la taille de l'échantillon reste limitée.