Plusieurs dizaines de cas de pancréatite aiguë publiés après vaccination ARNm, dont au moins un cas d'évolution fatale par pancréatite nécrosante. L'analyse des signalements spontanés Pfizer entre décembre 2020 et septembre 2021 recense 26 cas de pancréatite sur 330 983 rapports d'effets indésirables. Le mécanisme reste non élucidé ; contrairement à l'infection par le SARS-CoV-2, l'atteinte pancréatique directe par cytopathie virale ne peut expliquer les cas post-vaccinaux, ce qui suggère un mécanisme distinct, possiblement auto-immun.

Une revue systématique portant sur 39 cas conclut que les femmes de plus de 50 ans ou porteuses de facteurs de risque d'hépatite auto-immune (AIH) pourraient être plus susceptibles, avec un délai d'apparition typique de 10 à 14 jours après la première dose. Une autre revue systématique plus large recense 138 cas d'AIH parmi 275 cas de pathologies hépatiques post-vaccinales publiés. Une étude populationnelle de Singapour utilisant une analyse de séries de cas auto-contrôlées a identifié 6 cas d'AIH aiguë sur 76 dans les 42 jours suivant la vaccination ARNm. Une association avec certains allèles HLA DRB1 de susceptibilité a été documentée dans plusieurs séries.

Les données sont contrastées selon la taille des études. Une grande cohorte israélienne (populations appariées) ne retrouve pas de différence significative du risque d'exacerbation entre patients MICI vaccinés et non vaccinés (1,4 % contre 2,1 %). Une analyse de séries de cas auto-contrôlées portant sur le registre britannique CPRD (1911 cas) ne retrouve pas non plus d'association significative. À l'inverse, des cohortes japonaises plus petites rapportent des taux de poussée de 4,3 % (colite ulcéreuse) et 5,2 % à 4 semaines post-vaccination, et des cas cliniques individuels documentent des colites ulcéreuses sévères déclenchées après une troisième dose.