Dans une procédure d'indemnisation amiable (commissions de conciliation en France, Fonds des accidents médicaux en Belgique — voir EI-A07), un ou plusieurs experts médicaux indépendants sont désignés pour examiner le dossier, parfois le patient lui-même, et rendre un avis motivé sur l'origine du dommage, son caractère fautif ou non, et son ampleur. Cet avis fonde ensuite la décision d'indemnisation.

L'expertise peut être amiable (dans le cadre d'une procédure de conciliation) ou judiciaire (ordonnée par un tribunal). Dans les deux cas, le patient a le droit d'être assisté par la personne de son choix, y compris un médecin-conseil personnel, lors de l'expertise.